Hauptzollämter, kurz HZA, sind (mit den Zollämtern als Dienststellen) örtliche Bundesfinanzbehörden. Sie verwalten und erheben die Zölle und Verbrauchsteuern, die Einfuhrumsatzsteuer sowie die Kraftfahrzeugsteuer und überwachen die Einhaltung aller Vorschriften im Zuständigkeitsbereich der Zollverwaltung. Als Vollzugsbehörde sind die 41 Hauptzollämter in Deutschland zuständig für die Kontrolle und Strafverfolgung im Aufgabenbereich der Zollverwaltung. Sie unterstehen der Generalzolldirektion als Bundesoberbehörde und dem Bundesministerium der Finanzen als oberste Bundesbehörde.
Sie befinden sich in Aachen, Augsburg, Berlin, Bielefeld, Braunschweig, Bremen, Darmstadt, Dresden, Dortmund, Duisburg, Düsseldorf, Erfurt, Frankfurt am Main, Frankfurt (Oder), Gießen, Hamburg, Hannover, Heilbronn, Itzehoe, Karlsruhe, Kiel, Koblenz, Köln, Krefeld, Landshut, Lörrach, Magdeburg, München, Münster, Nürnberg, Oldenburg, Osnabrück, Potsdam, Regensburg, Rosenheim, Saarbrücken, Schweinfurt, Singen, Stralsund, Stuttgart und Ulm.
Ein Hauptzollamt ist in Sachgebiete gegliedert und seine untergeordneten Dienststellen bestehen aus Zollämtern und Abfertigungsstellen.
Der Aufbau hat sich 2008 im Rahmen des Projekts Strukturentwicklung Zoll erheblich geändert. Der organisatorische Aufbau eines Hauptzollamtes sah bis 2008 folgendermaßen aus:
In Berlin entstand zu Beginn des 20. Jahrhunderts im damaligen Verwaltungsbezirk Pankow das Kaiserliche Hauptzollamt. Das Gebäude ist erhalten und wird als Sitz der algerischen Botschaft genutzt.