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Ayant été mariée par procuration à François Ier de Médicis, grand-duc de Toscane, elle rejoint son mari le à Florence. Rapidement délaissée par son mari, elle est avant même son arrivée en Toscane impopulaire auprès du peuple florentin parce qu'elle est la fille de l'empereur.
Son beau-père, plus aimable avec elle, fait décorer à son intention la cour de l'ancien puits du Palazzo Vecchio par des tympans peints d'illustrations des villes autrichiennes, par des élèves de Giorgio Vasari, et la fontaine du Verrocchio.
En douze ans de mariage, elle et son mari ont huit enfants, d'abord six filles avant de donner naissance à un garçon qui mourra d'une encéphalite à l'âge de 4 ans. Le huitième enfant meurt à la naissance, le couple n'aura donc pas d'héritier direct. Parmi leurs filles, on compte Marie de Médicis, future reine de France, femme d'Henri IV de France et mère de Louis XIII.
Le , âgée de 31 ans, elle meurt en couches à Florence. François Ier épouse alors sa maîtresse Bianca Cappello.
Les générations sont numérotées dans l'ordre de la descendance depuis les premiers archiducs. Au sein de chaque génération, l'ordre est strictement chronologique et défini par la date de naissance.
