Sänkningen av Metalist var sänkningen (under mystiska omständigheter) av det sovjetiska lastfartyget Metalist, 27 september 1939, under det andra världskriget första månad. Konsekvenserna skulle komma att bli svåra för den då självständiga staten Estland.
Två veckor efter att Polen anfallits av Nazityskland i september 1939, löpte den polska ubåten Orzel (Örnen) in i Tallinns hamn. Estland, som förklarat sig strikt neutralt internerade ubåten. Den polska besättningen beslutade sig dock för att fly med ubåten, och natten den 18 september övermannades de två estniska vakterna som var satta att vakta ubåten och dess besättning och Orzel lyckades fly till Skottland.
Orzelincidenten kom för Estland mycket olyckligt, eftersom Sovjetunionens utrikesminister Vjatjeslav Molotov krävt att få uppta "handelsförhandlingar" med Estland. Under dessa förhandlingar hävdade Molotov att Estland var oförmöget till att sörja för vare sig sin egen eller Sovjetunionens säkerhet. Den 27 september meddelade TASS att det sovjetiska lastfartyget Metalist sänkts av en främmande ubåt. Molotov hävdade efter denna incident att Sovjetunionens sjöfart och säkerhet stod på spel och att man önskade förlägga 35 000 man till Estland. Vid midnatt den 28 september gav esterna efter för de sovjetiska kraven och tillät en styrka på 25 000 att baseras i Estland.
Vid tidpunkten för Metalists sänkning befann sig ubåten Orzel söder om Gotland.
1941 tillfångatog den finska armén en sovjetisk marinofficer och 1943 tog tyskarna en sovjetisk ubåtsman tillfånga, vilka båda gav samstämmiga uppgifter om vad som hänt Metalist. Enligt fångarna hade Metalist sänkts av den sovjetiska ubåten SC 303 efter att besättningen på Metalist lämnat fartyget.